Муниципальное образование «Матушкино» относится к Зеленоградскому административному округу г. Москвы.

Геологический облик территории муниципального образования был сформирован в конце ледникового периода и представляет собой пологохолмистую моренную равнину, прикрытую глинами и суглинками. Животный и растительный мир местности соответствовал средней полосе России.

Заселение близлежащих к муниципальному образованию территорий началось в период первобытно-родового строя. В непосредственной близости от него древние племена, принадлежавшие к льяловской культуре, поселились в конце IV - середине III тысячелетия до н.э., в конце ледникового периода.

Не вполне благоприятные природные условия территории, ее значительная заболоченность, долгое время препятствовали возникновению здесь населенного пункта. Первые документальные сведения о существовании деревни на этом месте относятся к первой половине Х VII в., хотя не исключена возможность, что поселение существовало и ранее, в Х VI веке, но запустело во время Смуты начала Х VII в., когда территории к западу от Москвы многократно подвергались опустошению.

В Х VII в. на территории муниципального образования находилась небольшая, в 3 двора деревня, которая называлась Матюшкино. Она находилась во владении дворян Матюшкиных, от фамилии которых было образовано название. Такой способ формирования топонимов был широко распространен и свидетельствует о том, что пункт находился во владении рода продолжительное время.

В Х VII в. род Матюшкиных принадлежал к средним слоям древнего дворянства. Согласно родовой легенде, он происходил от татарина Албауша, выехавшего из Орды в Новгород в 1260 г . Матюшкины выдвинулись в Х VIII веке, когда один из представителей рода камергер (впоследствии тайный советник) Дмитрий Михайлович Матюшкин получил в 1762 г . титул графа Священной Римской империи. Матюшкины имели два герба (дворянский и графский), внесенные в «Общий гербовник дворянских родов Всероссийской империи» (части 2 и 4). После пресечения рода фамилия в 1853 г . была передана графу М.М. Виельгорскому, который стал именоваться графом Матюшкиным ­Виельгорским. Этот род также пресекся в дальнейшем.

В ХV III -ХIХ вв. деревня многократно менялась своих владельцев, принадлежала князьям Голицыным и др. Население занималось преимущественно покосами. Собственная церкви в деревне, которая в то время уже именовалась Матушкино, отсутствовала из-за малочисленности жителей. В первой половине XIX века население было приписаны к приходу храма Святителя Николая Мирликийского в Ржавках (постройка начата в 1802, освящен в 1827 г ., построен в псевдоготическом стиле). В 1916 г . в Матушкино открылось земское училище. В начале 1920-х гг. началось активное хозяйственное освоение территории современного муниципального образования «Матушкино». Большое значение для развития местности имела узкоколейная железная дорога, которая была построена в 1921-1923 гг. и предназначалась для вывоза дров и торфа с реки Клязьмы в Москву, испытывавшую большие трудности с отоплением. В 1920-е гг. на территории района началась разработка камня, который использовался для строительства дороги от станции Крюково к современному Ленинградскому шоссе.

В 1929 г . в деревне организовали колхоз «Пчелка». В 1936 г . на территории муниципального образования был создан аэродром ДОСААФ.

В довоенный период в деревне насчитывалось 72 дома, располагавшиеся на единственной улице, которая шла параллельно Ленинградскому шоссе. В состав деревни входила Слободка, насчитывавшая 11 домов и примыкавшая с запада.

В начальный период Великой Отечественной войны на территории муниципального образования шли ожесточенные бои, которые начались 28 ноября 1941 г . и велись силами 354 стрелковой дивизии. На короткое время деревня оказалась оккупирована войсками противника. 8 декабря 1941 г . Матушкино было освобождено.

3 марта 1958 г . Совет министров СССР принял постановление «О строительстве нового города в пригородной зоне Москвы, в районе ст. Крюково Октябрьской железной дороги», в котором предусматривалось строительство в 1959-1963 гг. нового города­-спутника Москвы, впоследствии получившего название Зеленограда и ставшего крупным центром электронного машиностроения и научных исследований оборонного назначения. Деревня Матушкино вошла в городскую черту и оказалась ликвидирована. Строительство нового города началось с ее бывшей территории.

В декабре 1966 г . из находящейся на территории муниципального образования братской могилы были извлечены останки солдата, торжественно захороненные в мемориале «Могила неизвестного солдата», открытом 9 мая 1967 г . у Кремлевской стены.

В ходе административно-территориальной реформы в 1990 г . был образован район № 1, а в 2003 г . - сформировано муниципальное образование «Матушкино».